פנימיית עין גדי הינה פנימייה חינוכית, לכיתות ז'-יב', הממוקמת בלב ליבו של הגן הבוטני בקיבוץ. הפנימייה שמה דגש על התפתחות לימודית וחתירה למצוינות בקרב חניכיה בתחומי אומנות, מוזיקה וספורט, ומספקת מענה בכל הנוגע לעזרה בתחום הלימודי.

בפנימייה תחושה ביתית ומשפחתית, וכל חניך מקבל יחס אישי המאפשר לו להתפתח לפי יכולותיו ודרכו. בני/ות שנת שירות המלווים את הילדים מעשירים את עולמם החברתי של החניכים, ויחד עם צוות צעיר ודינאמי של מדריכים ואימהות בית מקיימים חיי קהילה שיתופיים, תוך דגש על עזרה הדדית ופיתוח האינדיבידואל בתוך ומול הקבוצה.

הפנימייה ממוקמת בלב קיבוץ עין גדי ומהווה מדי שנה בית ל כ75 תלמידים בכיתות ז-יב.

הילדים בפנימייה מגיעים תחת שתי מסגרות:

1. ילדים ישראלים מכל רחבי הארץ במסגרת עליית הנוער. כ -50 תלמידים

2. ילדי מכל רחבי העולם במסגרת תכנית נעל"ה, אשר נקלטה לראשונה בשנה שעברה (תשע"ה). כ-25 תלמידים.

תלמידי הפנימייה לומדים בביה"ס השש-שנתי בעין גדי והנם חלק אינטגרלי מהנוער בעין גדי . נוער הפנימיה לוקח חלק פעיל בכל פעילויות יחידת הנוער של המועצה (הן בהשתתפות והן בתכנון).