אגף התפעול אחראי על תחזוקת כלל המערכות הלוגיסטיות והמרחב הציבורי ברחבי המועצה. במסגרת זו האגף פועל למתן שירות מיטבי לתושבים, למלונות, למפעלים, לעסקים, לאורחים ולמבקרים בתחום המועצה, לצד אספקת שירותי אחזקה פנים ארגוניים. העבודה מבוצעת תוך אימוץ והפעלת שיטות עבודה חדשניות, מיצוי משאבים, מעקב ופיקוח מתמיד בשטח. כל זאת תוך חתירה מתמדת לשיפור המרחב הציבורי ולשמירה על צביונה הייחודי של המועצה.

האגף מופקד על התחומים הבאים: ניהול ותחזוקת מערכות הביוב והמים, אחזקת מבני המועצה ומבני הציבור, מערכות החשמל והמיזוג, שירותי התברואה, איכות הסביבה, רישוי העסקים, ווטרינריה, מערך ההיסעים, ניהול צי רכבי המועצה, בטיחות בעבודה, תחזוקת וניקיון החופים, אחזקת מתקנים ואספקת שירותי החוף ופיתוח ותחזוקת הגינון הציבורי.

העבודה בתחומים הללו מתפרשת על פני שישה ישובים, אכסניות נוער, בית ספר שדה, מסעדות, מרכזי קניות ובילוי, 16 חופי הרחצה ומתחם התיירות בחמי זוהר ועין בוקק הכולל 14 בתי מלון ואזור התעשייה מישור רותם. כמו כן האגף מתפעל שלושה מכוני טיהור שפכים תשע תחנות שאיבה לביוב ומערכת קר"מ לקריאה ממוחשבת של מדי המים.

אגף התפעול מוביל מקדם ומבצע את מדיניות המועצה תוך כדי בנייה והעצמת שיטות עבודה חדשניות וחתירה מתמדת לשינוי וצמיחה וזאת בשילוב כוחות ובחשיבה מושכלת הבונה עתיד בטוח, יעיל ומאתגר לתושבים, למלונאים, לבעלי העסקים ולעובדי הרשות. לשם כך, האגף עובד בשיתוף פעולה מלא מול מוקד 106 ומחלקת הפיקוח המשולב.