מים

נחלי המדבר מתאפיינים בשיטפונות עזים וקצרים שמקור מימיהם בעיקר בהרי יהודה ובגשמי המדבר. אלה זורמים לים המלח, מותירים אחריהם גבים בודדים מלבד בעונת החורף.

מקורות המים במדבר יהודה מעטים מאוד ונמצאים ברובם מחוצה  לו. הגדולים שבהם הם עין א-סולטאן (ביריחו, כשבעה מיליון קוב מים בשנה), עינות פשחה (כ-50 מיליון קוב מים בשנה), עינות תוראבה (כ-20 מיליון קוב), עינות נחל קלט (כארבעה מיליון קוב) ועינות עין גדי וסביבתה (כשלושה מיליון קוב מים בשנה).

במעלה המדבר, באזורים בהם חשופים סלעי הקירטון, ניתן לאגור מים בבורות הפזורים במדבר. באתרי ישוב גדולים, כגון מצדה והורקנה, נחצבו בימי בית השני בורות בסלעים הקשים ומשכו אליהם את המים ממרחק באמצעות אמות בנויות.

אופק מי התהום האזורי, הנמצא כיום עמוק מתחת לפני השטח, מקבל את רוב מימיו ממי הגשמים היורדים בהר יהודה. בעבר היה האופק גבוה יותר והמים המסו את סלעי הגיר והדולומיט בהם זרמו, יוצרים מחילות. עם שקיעתה של הבקעה העמיקו הנחלים וכך נוצרו הקניונים, נחשפו המחילות ונוצרו מערות רבות במדבר יהודה, כגון מערות בנחל חבר ובנחל חריטון.